A CIRP está organizada em estruturas a nível nacional e local.
A nível nacional, tem os seguintes organismos: como órgãos de governo, a Assembleia Geral, a Direcção e o Conselho Fiscal; como órgãos que colaboram e apoiam os órgãos de governo, o Secretariado Geral e as Comissões Nacionais.

Direção da CIRP (2020/2023)

Presidente: Ir. Maria da Graça Alves Guedes (Religiosas do Amor de Deus)
Vice-Presidente: P. Pedro Alexandre Simões Gouveia Fernandes (Espiritanos)
Vogais Ir. Natália Maria Areias da Rocha (Aliança de Santa Maria)
Pe. Adelino Ascenso (Sociedade Missionária da Boa Nova)
Ir. Alzira Rodrigues Ferreira (Irmãs Dominicanas de Santa Catarina de Sena)

Secretariado Geral

Secretário Geral: P. Constantino Tiago Espirito Santo (Sacerdotes do Coração de Jesus – Dehonianos)
Ecónomo: P. Manuel Joaquim Gomes Barbosa (Sacerdotes do Coração de Jesus – Dehonianos)

Conselho Fiscal

Presidente: Ir. Maria da Conceição d’Oliveira Fernandes (Irmãs de são João Baptista e Maria Rainha)
Secretário: P. Tiago Martinho Alberto (Agostinhos)
Vogal: Ir. Maria de Fátima Machado (Irmãs de S. José de Cluny)